La Chiesa di Caponago ha un’origine antichissima, probabilmente tardo medievale. Sappiamo infatti dai documenti antichi che una chiesa doveva certamente esistere già sul finire del XIII secolo perché ve ne è menzione nell’opera di Goffredo da Bussero. Non sappiamo come questa chiesa fosse in origine, ma sicuramente nel 1581, quando venne visitata da San Carlo Borromeo, era descritta come “piccola ed assai indecente per vetustà”. Tantoché i ricchi proprietari terrieri della zona furono caldamente invitati, proprio dallo stesso San Carlo, ad occuparsi del suo restauro. In realtà il primo vero grande restauro della Chiesa, partirà solo due secoli dopo, quando l’edificio precedente venne inglobato nella nuova costruzione disegnata dall’architetto Carlo Giuseppe Merlo, che è quella che permane tutt’ora. Bisogna aspettare però il 1738, anno in cui fu avviato l’intervento di ricostruzione/riprogettazione affidato all’architetto Carlo Giuseppe Merlo; la nuova parrocchia incorporò il presbiterio e il coro della chiesa precedente e fu completata intorno al 1742 (la facciata venne finita più tardi). L’impianto risultante è a pianta centrale/ellittica, in linea con le tendenze architettoniche del periodo. Qualche anno dopo, nel 1783 venne eretto anche il campanile. L’interno venne affrescato verso la fine dell’Ottocento (viene citato l’intervento del pittore Antonio De Grada) e l’organo databile al 1768 (realizzato da Antonio Fontana) fu soggetto a restauro/adeguamenti nel corso del secolo (rifacimento/parziale restauro intorno al 1894–1896). Negli anni 1933–1940 la chiesa subì un ampliamento della navata, intervento che portò l’edificio alle dimensioni odierne.